Dnia 1 lipca 1995 roku biskup ełcki Wojciech Ziemba ustanowił Samodzielny Ośrodek Duszpasterski p.w. Miłosierdzia Bożego obejmujący dzielnicę Limanowskiego, bardziej znaną pod historyczną nazwą „Baraki”, która wcześniej należała do Parafii Najświętszego Serca Pana Jezusa. Ustanowienie nowego ośrodka było zaskoczeniem dla mieszkańców dzielnicy, tak bardzo przywiązanych do parafii macierzystej. Wielu nie było przekonanych o potrzebie budowy kolejnego kościoła w Augustowie. Tym bardziej, iż od początku głównym problemem było znalezienie placu pod budowę kościoła. Gdy nie powiodły się pierwsze próby znalezienia placu w centralnej części dzielnicy, dokonaliśmy adaptacji prywatnego domu mieszkalnego przy ul. Kozi Rynek, który zaczął pełnić rolę tymczasowej kaplicy.  W tym czasie podjęliśmy starania o pozyskanie placu, na którym obecnie stoi kościół. Nie było to łatwe, gdyż nie był to plac budowlany. Potrzebna była zmiana w planie zagospodarowania przestrzennego. Udało się jej dokonać, dzięki życzliwości władz miejskich oraz zgodzie wojewódzkiego konserwatora zabytków i zarządu wodnego

            Dnia 7 czerwca 1998 została odprawiona, w tym miejscu pierwsza Msza święta. Było to w czasie pierwszej wizytacji kanonicznej, którą przeprowadził św. pamięci ks. Biskup Edward Samsel. Wtedy też został postawiony krzyż na miejscu budowy kościoła i poświęcony plac.

              W tym samym roku, po uzyskaniu pozwolenia na budowę, w końcu sierpnia rozpoczęły się prace budowlane. Były one bardzo trudne, chociażby z uwagi na bliskość kanału i wysoki poziom wody. Ponadto warto dodać, iż budowy kościoła podjęła się wspólnota bardzo mała, licząca ok. 1500 osób. Jesienią udało się wykonać fundamenty.

            W roku następnym, 1999 prace przebiegały na tyle szybko, że mogła już odbyć się pasterka. Odprawił ją, w surowych murach świątyni,  jeszcze bez okien i żadnych instalacji, 

ks. biskup Wojciech Ziemba. Pośpiech był konieczny, gdyż dotychczasowa kapliczka była bardzo mała, a ponadto musieliśmy ją jak najszybciej opuścić. Ważną datą  w życiu naszej wspólnoty był dzień 3 czerwca 2000 roku. Wtedy to została erygowana parafia p.w. Miłosierdzia Bożego w miejsce dotychczasowego samodzielnego Ośrodka. W tym też dniu został uroczyście wmurowany w naszym kościele kamień węgielny, poświęcony rok wcześniej przez papieża Jana Pawła II w czasie jego pamiętnego pobytu w naszej diecezji.. 

           Nasz kościół nie był budowany przez bogatych fundatorów czy sponsorów. Powstał on przede wszystkim z ofiar ludzi niezamożnych i często wręcz biednych, ale bogatych w wiarę, miłość do Boga i przywiązanie do Kościoła. 

          Nad Kanałem Bystrym powstała nowoczesna świątynia, o wysmukłej wieży

i oryginalnej bryle, zaprojektowana przez miejscowego architekta inż. Zbigniewa Suszyńskiego. Nad wejściem głównym znajdują się dwa witraże. Jeden przedstawia Jezusa Miłosiernego, a drugi Ducha Świętego w postaci gołębicy. 

         Parafia wchodzi w skład dekanatu Augustów- Matki Bożej Królowej Polski. Należą do niej następujące ulice:  Bystra, Filisaków, Gajowa, Grzybowa, Jaćwieska, Kanałowa, Krótka, Kozi Rynek, Lelewela, Ludowa, Limanowskiego, Myśliwska, Obrońców Westerplatte, Perstuńska, Proletariacka, Retmańska, Sarnia, Saperów, Stawy, Straży Leśnej, plac Ks. Szkiłądzia, Śluzowa, Waryńskiego, Wiklinowa, Ustronie. 

        W dniu 25 września 2003r. zostały sprowadzone z krakowskich Łagiewnik relikwie
św. siostry Faustyny Kowalskiej, beatyfikowane przez Ojca Świętego Jana Pawła II w roku 1993r., a kanonizowanej w Roku Jubileuszowym 2000.

        Wnętrze kościoła jest wciąż urządzane. W ołtarzu głównym znajduje się obraz Pana Jezusa Miłosiernego - z podpisem Jezu Ufam Tobie - osadzony w artystycznie rzeźbionej, owalnej ramie, która przedstawia w oryginalny sposób prawdę o Bożym Miłosierdziu. Na uwagę zasługuje też gloria otaczająca tabernakulum oraz nawiązujące formą do niej, także bardzo ozdobne żyrandole. W prezbiterium zainstalowano, wykonane w marmurze: ołtarz, ambonkę

i chrzcielnicę, a także dębowe sedilia. Wszystkie te elementy wystroju kościoła zaprojektował artysta plastyk Maciej Kauczyński z Krakowa. W bocznej kaplicy znajdują się obrazy Matki Bożej Miłosierdzia (zwanej Ostrobramską), oraz św. Faustyny, Apostołki Miłosierdzia Bożego. W roku 2014 zostały zawieszone wykonane w drewnie stacje Drogi Krzyżowej.
  Kościół dzięki dogodnemu położeniu i łatwej komunikacji, gromadzi nie tylko własnych parafian, ale także mieszkańców z całego miasta. W sezonie letnim przybywa do świątyni coraz więcej wczasowiczów, którzy spędzają w tym urokliwym zakątku Polski. Uroczystości odpustowe są obchodzone w II Niedzielę Wielkanocną, w Święto Miłosierdzia Bożego, ustanowione przez św. Jana Pawła II.